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PCR引物退火溫度

日期:2025-04-17 04:40
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摘要:PCR引物退火溫度
   引物的另一個重要參數(shù)是熔解溫度(Tm)。這是當(dāng)50%的引物和互補(bǔ)序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時的溫度。Tm對于設(shè)定PCR退火溫度是必需的。在理想狀態(tài)下,退火溫度足夠低,以保證引物同目的序列有效退火,同時還要足夠高,以減少非特異性結(jié)合。合理的退火溫度從55℃到70℃。退火溫度一般設(shè)定比引物的Tm低5℃。  

   設(shè)定Tm有幾種公式。高鹽溶液中的雜交,適用于小于18堿基的引物。根據(jù)GC含量估算Tm。確定引物Tm zui可信的方法是近鄰分析法。這種方法從序列1級結(jié)構(gòu)和相鄰堿基的特性預(yù)測引物的雜交穩(wěn)定性。大部分計(jì)算機(jī)程序使用近鄰分析法。

   根據(jù)所使用的公式及引物序列的不同,Tm會差異很大。因?yàn)榇蟛糠止教峁┮粋€估算的Tm值,所有退火溫度只是一個起始點(diǎn)??梢酝ㄟ^分析幾個逐步提高退火溫度的反應(yīng)以提高特異性。開始低于估算的Tm5℃,以2℃為增量,逐步提高退火溫度。較高的退火溫度會減少引物二聚體和非特異性產(chǎn)物的形成。為獲得zui佳結(jié)果,兩個引物應(yīng)具有近似的Tm值。引物對的Tm差異如果超過5℃,就會引物在循環(huán)中使用較低的退火溫度而表現(xiàn)出明顯的錯誤起始。如果兩個引物Tm不同,將退火溫度設(shè)定為比zui低的Tm低5℃?;蛘邽榱颂岣咛禺愋?,可以在根據(jù)較高Tm設(shè)計(jì)的退火溫度先進(jìn)行5個循環(huán),然后在根據(jù)較低Tm設(shè)計(jì)的退火溫度進(jìn)行剩余的循環(huán)。這使得在較為嚴(yán)緊的條件下可以獲得目的模板的部分拷貝。

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